修持药师法门，与修持极乐净土法门一样，需要“信、愿、行”三资粮。
“信”为道源功德母。佛法的修持，任何一个法门，都离不开“信”字，正如《药师经》中所言：“一切如来，身语意业，无不清净。世尊，此日月轮，可令堕落。妙高山王，可使倾动。诸佛所言，无有异也。”我们要深信诸佛所言真实不虚。
“愿”就是我们要发愿，要与药师佛的十二大愿相应，愿消除业障；愿现世得安乐；愿无有一人受苦；愿求生净土；愿究竟成佛；愿一切有情，如我无异……只有我们的愿与佛的愿相应，才能得佛接引；不能和佛相应，佛是无法接引你的。
仅仅有了“信”、“愿”还不够，还要通过“行”才能实现。“行”包括以下几个方面：
称念药师佛佛名号或者持药师咒、心咒。
受持读诵经典。不单单是读诵，重要的是受持，是日常行为中的奉持。像药师佛一样，努力地去为别人解决痛苦。大家可以把自己想象成药师佛，佛怎么做，我就怎么做。
恭敬供养。按照经典中的描述如法供养：供佛像，供香、供灯、供水等。当然，如果条件不允许，也可以做简易的供养。
受持八关斋戒。八关斋戒：是佛陀为了在家弟子制定的、暂时的出家修行的戒律与斋法。因为在家修行的人，家庭的、社会的种种事务很繁忙，要想修行，障碍也很多。佛陀悲悯在家弟子让他们能够过一日一夜的出家人的清净生活，种出世的善因；又能够适应在家人生活的特点，所以特别制定了在家人的出家戒，就是八关斋戒。具体包括：不杀生、不偷盗、不非梵行、不妄语、不饮酒、不非时食、不香花曼庄严其身，亦不歌舞倡伎、不坐卧大床。一般来讲，受持八关斋戒是在六斋日、十斋日、佛菩萨圣诞日，而我们修持药师法门，要在每月的初八、十八、二十八受持八关斋戒，这三天是药师佛节日，是修法的最好日期。受持八关斋戒，可以使我们达到身、语、意三业清净，关闭生死之门，走向涅槃之路。
放生。我们要随缘随力放生。当前很多放生组织，冗长的仪轨，导致放生的物命在没有被放之前就死亡，甚至有些地方已经形成了放生产业链，预定放生物种，这边放，那边抓，这些都是不可取的。我们要以一颗清净心，随缘去放生。
布施。修持药师法门，要多行药施，多布施、照顾病苦的人，广种悲田、敬田、福田。
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